Líneas de Investigación
Líneas de Investigación
El Pirofosfato (P2O7) es un metabolito que se genera como subproducto de las reacciones de biosíntesis de ácidos nucleicos, proteínas y carbohidratos complejos en todos los seres vivos. Para que este compuesto no se acumule e impida el crecimiento celular existen las enzimas conocidas como pirofosfatasas inorgánicas solubles. Dichas enzimas son pues esenciales en todas las células vivas y su función es reciclar el pirofosfato para que la célula pueda reutilizar el fosfato. Al hidrolizar el pirofosfato liberan energía y esta energía proporciona de un impulso termodinámico al crecimiento celular.
En nuestro laboratorio se estudia el metabolismo de semillas durante el desarrollo, particularmente efocado al papel del pirofosfato y las pirofosfatasas sobre la acumuilación de lípidos de reserva, así como la relación estructura-función de proteínas, con énfasis en el estudio de las pirofosfatasas solubles y la regulación por hormanas y estímulos abióticos del metabolismo de semillas, con énfasis en el papel del potencial osmótico, el calcio, ácido abscísico, y los brassinosteroides. |
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Modelo esquemático de la estructura tridimensional de la Pirofosfatasa 6 del frijol común obtenido in sílico. El modelo fue sometido a una simulación de dinámica molecular en la Supercomputadora de la UNAM (Kambalam) y fué simulado en solución acuosa, en presencia de su activador esencial (Mg, esferas verde) y con su sustrato depositado en el posible sitio activo (P2O7, esferas rojas y cafés). Los restos de aminoácido que hacen contacto con el sustrato o con magnesio se muestran en forma de varillas. |
En nuestro laboratorio se estudia el metabolismo de semillas durante el desarrollo, particularmente efocado al papel del pirofosfato y las pirofosfatasas sobre la acumuilación de lípidos de reserva, así como la relación estructura-función de proteínas, con énfasis en el estudio de las pirofosfatasas solubles y la regulación por hormanas y estímulos abióticos del metabolismo de semillas, con énfasis en el papel del potencial osmótico, el calcio, ácido abscísico, y los brassinosteroides.
Mantenemos colaboraciones importantes con:
El grupo de la Dra. Rachel Mata (Departamento de Farmacia, Facultad de Química) en el estudio de productos naturales que actúan a través de su efecto sobre la Calmodulina. |
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El grupo del D r. Jorge Vázquez Ramos (Departamento de Bioquímica, FQ) y el grupo de Dr. Martín Iglesias (Departamento de Química Orgánica, FQ) en el estudio de los efectos de Brasinoesteroides sobre la germinación y el crecimiento temprano de las plantas de interés agrícola.
Con el Dr. León P. Martínez (Departamento de Bioquímica, FQ) sobre la evolución de las pirofosfatasas y la relación estructura-función de estas proteínas.
Con el Dr. Algfonso Lira Rocha sobre la interacción de fármacos con potencial anticancerígeno con DNA y con proteínas. |
Publicaciones
Publicaciones:
González-Cruz, J., Rodríguez-Sotres, R. y Rodríguez-Penagos, M. (2003) On the convenience of using a computer simulation to teach enzyme kinetics to Undergraduate Students with Biological Chemistry-Related Curricula. Biochemistry and Molecular Biology Education. 31(2):93-101. |
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Rodríguez-Loaiza, P., Rodríguez-Sotres, R. Quintero, A. Solano, J. D. Lira-Rocha, A. (2004) Synthesis and evaluations of 9-thiazoloquinoline-[5,4b] derivatives as potential antitumorals. European Journal of Medicinal Chemistry 39(1):5-10. |
Lara-Nuñez, A. y Rodríguez-Sotres, R.* (2004) Characterization of a Dicarboxylate Exchange System able to Exchange Pyrophosphate for L-malate in Non-photosynthetic Plastids from Developing Maize Embryos. Plant Science 166 (2004) 1335–1343 (.doi:10.1016/j.plantsci.2004.01.015), *Autor corresponsal. |
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Rivero-Cruz B.E., Rojas, M. A. Rodríguez-Sotres, R., Cerda-García-Rojas, C.M. y Mata, R. Smoth relaxant action of Bezyl Benzoates and Salicylic Acid derivatives from Brickellia vernicaefolia on Isolated Guinea-Pig ileum. (2005) Planta Médica 71(4):320-325 |
Martínez-Luis, S., Rodríguez-Sotres, R. Acevedo, L., González M., Lira-Rocha, A Mata R. Malbrancheamide, a new phytotoxic brevianamide alkaloid from the fungus Malbranchea aurantiaca. (2006), Tetrahedron, 62 (8): 1817-1822 |
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Rivero-Cruz, B., Gurrola-Castro, V., Rivero-Cruz, I., Rodríguez-Sotres, R., Mata, R. Natural and synthetic Benzyl Benzoates, Calmodulin antagonists with spasmolitic action. (2007) Phytochemistry 68 (8): 1147-1155. |
Navarro-de la Sancha, E., Coello-Coutiño, M.P., Valencia-Turcotte L.G., Domínguez-Hernández, E.E. Trejo-Yepes, G. Rodríguez-Sotres, R.* Characterization of two soluble inorganic pyrophosphatases from Arabidopsis thaliana. (2007) Plant Science 172(4):796-807. *Autor corresponsal. |
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M. Romero-Avila, G. de Dios-Bravo, J. M. Mendez-Stivalet, R. Rodríguez-Sotres, M. A. Iglesias-Arteaga (2007) Synthesis and biological activity of furostanic analogues of brassinosteroids bearing the 5α-hydroxy-6-oxo moiety . Steroids 72(14): 955-959. |
M A. Loza-Mejía, K. Maldonado-Hernández, F. Rodríguez-Hernández, R. Rodríguez-Sotres, I. González-Sánchez, A Quintero, J. D. Solano, A Lira-Rocha (2008) Synthesis, Cytotoxic Evaluation and DNA Binding of Novel Thiazolo[5,4-b]quinoline Derivatives. Bioinorganic & Medicinal Chemistry 16(3):1142-1149. |
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M. González-Andrade, M. Figueroa, R. Rodríguez-Sotres, R. Mata, Alejandro Sosa-Peinado*. (2009) An alternative assay to discover potential calmodulin inhibitors using a human fluorophore-labeled CaM protein. Analytical Biochemistry 387(1):64-70. |
M. A. Loza-Mejía, S. Olvera-Vázquez, K. Maldonado-Hernández, T. Guadarrama Salgado, I. González-Sánchez, F. Rodríguez-Hernández, J. D. Solano, R. Rodríguez-Sotres, A. Lira-Rocha. (2009). Synthesis, cytotoxic activity, DNA topoisomerase-II inhibition, molecular modeling and structure–activity relationship of 9-anilinothiazolo[5,4-b]quinoline derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry 17(9):3266–3277. |
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Figueroa M.; González M.C.; Rodríguez-Sotres, R.; Sosa-Peinado, A.; González M.; Cerda-García-Rojas C.M.; Mata, R. (2009). Calmodulin inhibitors from the fungus Emericella sp. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 17(6):2167-2174 (Pub Med ID: 19013822, doi:10.1016/j.bmc.2008.10.079). |
Rodríguez-Sotres R.*; Rodríguez-Penagos,, M.; Gónzález-Cruz, J.; Rosales-León L.; Martínez-Castilla L.P. (2009). Simulated site-directed mutations in a virtual reality environment as a powerful aid for teaching the three-dimensional structure of proteins. Educación Química. 20(4):460-464. *Autor corresponsal. |
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L.P. Martínez-Castilla y R. Rodríguez-Sotres* (2010) A score of the ability of a three-dimensional protein model to retrieve its own sequence as a quantitative measure of its quality and appropriateness. PLoS ONE 5(9): e12483. doi:10.1371/journal.pone.0012483. *Autor corresponsal. |
Brindis, Fernando, Rodíguez, Rogelio, Bye, Robert, González-Andrade, Martín, Mata, R. (2011). (Z)-3-Butylidenephthalide from Ligusticum porteri, an alpha-Glucosidase Inhibitor. Journal of Natural Products, published in electronic form ahead of print, doi:10.1021/np100447a |
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González-Sánchez, I.; Solano, J. D.; Loza-Mejía, M. A.; Olvera-Vázquez S.; Rodríguez-Sotres, R.; Morán J.; Lira-Rocha A.; Cerbon, M. (2011). Antineoplastic activity of the thiazolo[5,4-b]quinoline derivative D3CLP in K-562 cells is mediated through effector caspases activation. European Journal of Medicinal Chemistry In press. doi:10.1016/j.ejmech.2011.02.063 |
González-Andrade M.; Rivera-Chávez J.; Sosa-Peinado A.; Figueroa M., Rodríguez-Sotres R.; Mata R. (2011) Development of hCaM L39C-mBBr/V91C-mBBr, a novel fluorescent biosensor of hCaM, as a tool for discovering new CaM inhibitors and detecting Ca+2 (2011) Journal of Medicinal Chemistry. In press. |
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L. Rosales-León, E. E. Hernández-Domínguez, S. Gaytán-Mondragón and R Rodríguez-Sotres* (2011). Metal binding sites in plant soluble inorganic pyrophosphatases. An example of the use of ROSETTA design and hidden Markov models to guide the homology modeling of proteins. Journal of the Mexican Chemical Society. *Autor corresponsal. In press. |
Lara-Nuñez, A. y Rodríguez-Sotres, R. (2004) Characterization of a Dicarboxylate Exchange System able to Exchange Pyrophosphate for L-malate in Non-photosynthetic Plastids from Developing Maize Embryos. Plant Science 166 : 1335–1343 |
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Rivero-Cruz B.E., Rojas, M. A. Rodríguez-Sotres, R., Cerda-García-Rojas, C.M. y Mata, R. Smoth relaxant action of Bezyl Benzoates and Salicylic Acid derivatives from Brickellia vernicaefolia on Isolated Guinea-Pig ileum. (2005) Planta Médica 71:320-325 |
Martínez-Luis, S., Rodríguez, R. Acevedo, L., González M., Lira-Rocha, A Mata R. Malbrancheamide, a new phytotoxic brevianamide alkaloid from the fungus Malbranchea aurantiaca. (2006), Tetrahedron, 62 : 1817-1822 |
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Rivero-Cruz, B., Gurrola-Castro, V., Rivero-Cruz, I., Rodríguez-Sotres, R., Mata, R. Natural and synthetic Benzyl benzoates, Calmodulin antagonists with spasmolitic action. 2007 Phytochemistry 68(8):1147-1155. |
Navarro-de la Sancha, E., Coello-Coutiño, M.P., Valencia-Turcotte L.G., Domínguez-Hernández, E.E. Trejo-Yepes, G. y Rodríguez-Sotres, R. Characterization of two soluble inorganic pyrophosphatases from Arabidopsis thaliana. (2007) Plant Science 172:796-8074.1.22. |
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M. Romero-Avila, G. de Dios-Bravo, J.M. Mendez-Stivalet, R. Rodríguez-Sotres, M.A. Iglesias-Arteaga (2007) Synthesis and biological activity of furostanic analogues of brassinosteroids bearing the 5α-hydroxy-6-oxomoiety. Steroids (en prensa). |
M.A. Loza-Mejía, K. Maldonado-Hernández, R. Rodríguez-Sotres, A. Quintero, J.D. Solano, A. Lira-Rocha (2008) Synthesis, Cytotoxic Evaluation and DNA Binding of Novel Thiazolo 5,4-b] quinoline Derivatives. Bioinorganic&MedicinalChemistry (en prensa). |
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Líneas de Investigación
Líneas de Investigación
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DESCRIPCIÓN GENERAL
El Pirofosfato (P2O7) es un metabolito que se genera como subproducto de las reacciones de biosíntesis de ácidos nucleicos, proteínas y carbohidratos complejos en todos los seres vivos. Para que este compuesto no se acumule e impida el crecimiento celular existen las enzimas conocidas como pirofosfatasas inorgánicas solubles. Dichas enzimas son pues esenciales en todas las células vivas y su función es reciclar el pirofosfato para que la célula pueda reutilizar el fosfato. Al hidrolizar el pirofosfato liberan energía y esta energía proporciona de un impulso termodinámico al crecimiento celular.
En nuestro laboratorio se estudia el metabolismo de semillas durante el desarrollo, particularmente efocado al papel del pirofosfato y las pirofosfatasas sobre la acumuilación de lípidos de reserva, así como la relación estructura-función de proteínas, con énfasis en el estudio de las pirofosfatasas solubles y la regulación por hormanas y estímulos abióticos del metabolismo de semillas, con énfasis en el papel del potencial osmótico, el calcio, ácido abscísico, y los brassinosteroides.
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Modelo esquemático de la estructura tridimensional de la Pirofosfatasa 6 del frijol común obtenido in sílico. El modelo fue sometido a una simulación de dinámica molecular en la Supercomputadora de la UNAM (Kambalam) y fué simulado en solución acuosa, en presencia de su activador esencial (Mg, esferas verde) y con su sustrato depositado en el posible sitio activo (P2O7, esferas rojas y cafés). Los restos de aminoácido que hacen contacto con el sustrato o con magnesio se muestran en forma de varillas. |
Proyectos
Proyectos
FINANCIAMIENTO
TITULO: MECANISMOS DE REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD DE PIROFOSFATASAS EN PLANTAS SOMETIDAS A ESTRÉS. PROPONENTE Y RESPONSABLE: DR. ROGELIO RODRÍGUEZ SOTRES |
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TÍTULO ASPECTOS DE LA BIOQUÍMICA Y DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR DE LAS PIROFOSFATASAS EN RELACIÓN A LA DEFICIENCIA DE FÓSFORO EN PLANTASApoyo financiero: PROGRAMA DE APOYO A PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN TECNOLÓGICA, DGAPA-UNAM
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TITULO: MECANISMOS DE REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD DE PIROFOSFATASAS EN PLANTAS SOMETIDAS A ESTRÉS. PROPONENTE Y RESPONSABLE: DR. ROGELIO RODRÍGUEZ SOTRES
Apoyo finaciero: FONDO SEP-CONACYT, CIENCIA BÁSICA, 2008-1Objetivo: En este proyecto finaciado por CONACyT, se está estudiando como las diferentes pirofosfatasas presentes en la células vegetales se modifican para permitir a las células adapatarse a diversas condiciones de estrés abiótico. |
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TÍTULO ASPECTOS DE LA BIOQUÍMICA Y DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR DE LAS PIROFOSFATASAS EN RELACIÓN A LA DEFICIENCIA DE FÓSFORO EN PLANTASApoyo financiero: PROGRAMA DE APOYO A PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN TECNOLÓGICA, DGAPA-UNAM
Objetivo general. Profundizar en el conocimiento de las propiedades cinéticas y moleculares de las pirofosfatasas de plantas y estudiar la regulación de su expresión y actividad en relación con condiciones de deficiencia de fósforo. |
